Хотя разработка и все более широкое распространение эффективных и безопасных вакцин дает наибольшую надежду на будущее восстановление после все более разрушительной пандемии COVID-19, геномный надзор становится жизненно важной необходимостью для достижения эффективного смягчения последствий и сдерживания. Соединенные Штаты лидируют в мире по зарегистрированным случаям COVID-19, но они занимают 43-е место в мире по эпиднадзору и геномному секвенированию вирусных вариантов.
Исследователи из Медицинского колледжа Шмидта при Атлантическом университете Флориды и их сотрудники опубликовали комментарий о геномном наблюдении для борьбы с COVID-19 в журнале The Lancet Microbe . Эпидемиологический надзор за инфекционными заболеваниями или наблюдение за распределением и тенденциями заболеваемости посредством систематического сбора, консолидации и распространения данных уже более века является золотым стандартом в борьбе с болезнями. Что касается COVID-19, исследователи говорят, что геномный надзор не менее важен для выявления вариантов, которые отличаются фенотипически или антигенно, задолго до того, как они распространятся по США и остальному миру.
«Геномный надзор использует применение секвенирования нового поколения и филогенетических методов, чтобы облегчить более раннее ожидание, а также инициировать эффективные стратегии по смягчению и сдерживанию вспышек SARS-CoV-2 и других новых вирусов» , - сказала Джанет Д. Робишоу, доктор философии. .D., Первый автор, старший заместитель декана по исследованиям и заведующий кафедрой биомедицинских наук Медицинского колледжа Шмидта. «Геномное секвенирование было полезно для идентификации мутаций, включая мутации, которые связаны со снижением эффективности вакцины или повышенной трансмиссивностью вируса. Дополнительные варианты, которые имеют общие мутации, вероятно, похожи в отношении их реакции на лечение и дополнительно демонстрируют необходимость геномного надзора».
В комментарии авторы объясняют, что подобно другим РНК-вирусам, в том числе гриппу, SARS-CoV-2 постоянно накапливает полиморфизмы в своем геноме. По мере того, как вирусный геном приобретает эти нуклеотидные изменения, исследователи могут комбинировать инновационную геномную аналитику с более традиционными эпидемиологическими инструментами, чтобы позволить раннюю фенотипическую и иммунологическую характеристику новых проблемных вариантов.
«Помимо использования этих изменений для идентификации различных линий вируса, которые могут распространяться в популяции, доступность информации о последовательностях позволяет исследователям идентифицировать варианты, которые могут изменить обнаружение, инфекционность или тяжесть заболевания», - сказал Робишоу. «Особый интерес был сосредоточен на изменениях в белке-шипе, отвечающем за связывание и проникновение в клетки-хозяева, которые могут приводить к ложноотрицательным результатам в существующих диагностических тестах. Кроме того, такие вариации могут повлиять на скорость передачи, результаты для здоровья, терапевтические реакции и эффективность вакцины».
Исследователи отмечают, что наряду с геномным обнаружением существует аналогичная потребность во всемирных инициативах по отслеживанию эволюции вирусных инфекций путем создания глобального потенциала, предоставления научных и технических знаний и поддержки слаборазвитых стран и уязвимых групп населения. Они заявляют, что увеличение возможностей для наблюдения и геномного секвенирования на глобальном уровне будет способствовать более эффективному реагированию на текущую пандемию за счет захвата необнаруженных новых вариантов не только в области спайка, влияющей на проникновение вируса, но также и других частей вирусного генома, влияющих на вирусная репликация, корректура и транскрипция.
«Активизация международных совместных усилий в области эпидемиологии и геномики в странах с высоким уровнем доходов открывает перспективы также и для стран с низким уровнем доходов, где могут быть развернуты усилия по смягчению последствий и сдерживанию», - сказал Скотт М. Альтер, доктор медицины, магистр делового администрирования, автор-корреспондент и доцент кафедры неотложная медицина в Медицинском колледже Шмидта.
