Исследователи всего мира стали на шаг ближе к пониманию тонкостей COVID-19 благодаря двум новым веб-ресурсам, разработанным исследователями из Медицинского колледжа Бейлора и Калифорнийского университета в Сан-Диего. Ресурсы находятся в свободном доступе через проект сигнальных путей (Baylor) и сетевой обмен данными (UCSD). Они предоставляют исследователям информацию о клеточных генах, на экспрессию которых влияет коронавирусная инфекция, и помещают эти данные в контекст сложной сети молекулярных сигнальных путей хозяина. Использование этого ресурса может ускорить разработку новых терапевтических стратегий. Исследование опубликовано в журнале Scientific Data .
«Наша мотивация для разработки этого ресурса состоит в том, чтобы сделать исследования о COVID-19 более доступными для научного сообщества. Когда исследователи имеют открытый доступ к работе друг друга, открытия продвигаются более эффективно», - сказал ведущий автор доктор Нил МакКенна, научный сотрудник профессор молекулярной и клеточной биологии и член Комплексного онкологического центра Дэна Л. Дункана в Бейлоре.
Проект сигнального пути
В течение многих лет научное сообщество создавало и архивировало наборы молекулярных данных, документирующих, как гены выражаются в процессе выполнения клетками своих обычных функций или в связи с заболеванием. Однако обычно эта информация труднодоступна.
В 2019 году Маккенна и его коллеги разработали проект Signaling Pathways - веб-платформу, которая объединяет наборы молекулярных данных, опубликованные в научной литературе, в согласованные регуляторные сигнатуры или то, что они называют консенсомами, которые ранжируют гены в соответствии с их скоростью дифференциальной экспрессии.