Теперь мы знаем, что микробы, живущие в нашем кишечнике — наш микробиом — во многом влияют на наше здоровье. Считается, что баланс между конкурирующими видами микробов важен при воспалительных заболеваниях кишечника (ВЗК), иммунных нарушениях, нейродегенеративных заболеваниях, раке и многом другом.
Сахара в нашем рационе, в свою очередь, влияют на этот баланс — какие микробы процветают, а какие нет. Кроме того, микробы выделяют тысячи различных метаболитов, влияющих на выживание друг друга и наше здоровье.
Новое исследование под руководством Сета Ракофф-Нахума, доктора медицинских наук, в отделениях инфекционных заболеваний и гастроэнтерологии Бостонской детской больницы, ставит некоторые ключевые задачи в понимании того, как эти сложные части объединяются. Он сосредоточился на Bacteroides , преобладающих грамотрицательных бактериях кишечника человека. Результаты будут опубликованы онлайн в журнале Cell 3 февраля.
«Нам нужно узнать, как каждый вид и штамм микробиома кишечника, в частности виды Bacteroides , выживают в нашем кишечнике, если мы хотим улучшить или уменьшить их», — говорит он. «Кишечные бактерии конкурируют за использование непереваренных сахаров в нашем рационе в качестве источника энергии. Некоторые из них имеют половину своего генома, предназначенную для лучшего использования этих сахаров».
Трехстороннее взаимодействие
Ракофф-Наум и его коллеги систематически проверяли, как метаболиты в кишечнике влияют на рост Bacteroides . Один метаболит выделялся как ингибирующий некоторые Bacteroides : бутират, жирная кислота с короткой цепью, которая играет критическую роль в организме хозяина, включая развитие иммунной системы. Когда исследователи выращивали Bacteroides в разных сахарах из рациона человека, они обнаружили, что антимикробный эффект бутирата зависит от того, какой сахар использовал каждый штамм.
Сет Ракофф-Нахум, доктор медицинских наук, и Сан-Янг Парк, доктор философии, провели исчерпывающее исследование того, как метаболиты и сахара в кишечнике влияют на рост различных штаммов Bacteroides. Предоставлено: предоставлено лабораторией Ракоффа-Наума.
«Если вы возьмете любые два штамма и вырастите каждый из них в Sugar X, в присутствии бутирата, штамм A погибнет на месте, в то время как штамм B будет расти так, как будто бутирата даже не было», — уточняет Ракофф-Наум. «С сахаром Y мы видим обратное: штамм B теперь убивает бутират, а штамм A не пострадал».
Почему бутират убивает одни бактероиды , а другие нет? Исследование определило третье измерение: генетические факторы. Небольшие вариации в генах, влияющих на метаболизм кофермента А, привели к разной чувствительности штаммов Bacteroides к бутирату .
«Первоначально мы думали, что эти гены будут очень похожи у всех бактерий, поскольку они выполняют основные клеточные функции», — говорит Ракофф-Наум. «Но Bacteroides меняют их, вероятно, чтобы помочь им справиться с особой средой в нашем кишечнике».