Ученые отслеживают и контролируют циркуляцию SARS-CoV-2, вируса, вызывающего COVID-19, используя методы, основанные на лабораторном методе, называемом полимеразной цепной реакцией (ПЦР). Также используемый в качестве «золотого стандарта» теста для диагностики COVID-19 у людей, ПЦР амплифицирует фрагменты ДНК, многократно копируя их в ходе серии химических реакций. Количество циклов, необходимое для амплификации представляющих интерес последовательностей ДНК, чтобы их можно было обнаружить с помощью машины ПЦР, известное как порог цикла (Ct), — это то, на что исследователи и медицинские работники обращают внимание при обнаружении вируса.
Однако не все лаборатории получают одинаковые значения Ct (иногда также называемые значениями «Cq»). Стремясь сделать результаты более сопоставимыми между лабораториями, Национальный институт стандартов и технологий (NIST) внес вклад в многоорганизационное исследование, в котором рассматривалась привязка этих значений Ct к эталонному образцу с известным количеством вируса.
Исследователи опубликовали свои выводы в журнале PLOS One .
SARS-CoV-2 — это РНК-вирус: его генетический материал является одноцепочечным, а не двухцепочечным, как ДНК, и содержит некоторые другие молекулярные строительные блоки, а именно урацил вместо тимина. Но тест ПЦР работает только с ДНК, и лаборатории сначала должны преобразовать РНК в ДНК, чтобы провести скрининг на COVID-19. Для теста РНК выделяют из образца пациента и объединяют с другими ингредиентами, включая короткие последовательности ДНК, известные как праймеры, для преобразования РНК в ДНК.
При проведении ПЦР-теста лаборатории часто используют значение Ct для постановки положительного или отрицательного диагноза COVID-19. Лаборатории часто устанавливают «пороговое» значение Ct, выше которого они интерпретируют и могут объявить пациента «отрицательным», если вирус не обнаружен после определенного количества циклов. Но даже несмотря на то, что разные лаборатории могут точно обнаруживать вирус с помощью своих ПЦР-тестов, они используют свои собственные методы тестирования и инструменты, что может привести к разным значениям Ct.
«Вы можете думать об этом как о выпечке печенья — в той же духовке, по тому же рецепту, печенье, которое вы выпекаете в течение 10 минут, вероятно, будет мягче, чем печенье, выпекаемое в течение 15 минут, но если что-то в рецепте было другим, если в духовке не была одинаковая температура, если вы использовали, например, противень другого типа, то это могло бы быть не так сопоставимо», — сказала исследователь NIST Меган Кливленд, соавтор исследования.
Итак, для этого исследования межорганизационная исследовательская группа решила изучить, насколько значения Ct могут различаться в разных лабораториях при проведении ПЦР-тестов на одних и тех же эталонных образцах, содержащих известное количество вируса SARS-CoV-2. Два эталонных материала с тщательно измеренными концентрациями РНК SARS-CoV-2 были разработаны группой организаций и учреждений под руководством INSTAND, междисциплинарного научного общества в Германии, которое способствует обеспечению качества в медицинских лабораториях. У RM 1 расчетная вирусная нагрузка составляла 10 миллионов (10 7 ) копий на миллилитр, а у RM 2 - 1 миллион (10 6 ) копий на миллилитр.
