Исследователи из Мельбурна разработали инструмент для мониторинга мутаций, затрудняющих разработку вакцин и лекарств от коронавируса (COVID-19).
Обеспечение эффективности лечения при мутации вируса - огромная проблема для исследователей. Новый мощный инструмент использует геномную и белковую информацию о вирусе и его мутациях, чтобы помочь в разработке лекарств и вакцин.
Доцент Мельбурнского университета Дэвид Ашер и его команда из Института молекулярных наук и биотехнологии Bio21 и Института сердца и диабета Бейкера разработали программный инструмент и библиотеку, получившую название COVID-3-D.
COVID-3-D, опубликованный в Nature Genetics , содержит информацию обо всех белковых структурах, которые совпадают с геномом SARS-CoV-2 (COVID-19), включая все известные генетические мутации и возникающую в результате структуру мутантного белка .
«Хотя вирус SARS-CoV-2 является относительно новым патогеном, его способность легко накапливать мутации в своих генах была очевидна с самого начала этой пандемии», - сказал доцент Ашер.
"В контексте разработки и открытия терапевтических лекарств эти мутации и закономерности, по которым они накапливаются в белковых структурах вируса, могут влиять на способность вакцин и лекарств связывать вирус или создавать специфический иммунный ответ против него. . Из-за этого ученые должны не только пытаться контролировать вирус, но и перехитрить его, предсказывая, как он будет меняться со временем ».
Несколько международных университетов и исследовательских институтов уже используют COVID-3-D при разработке вакцин и лечения.
«В Bio21 он используется в рамках постоянных усилий по пониманию и разработке лекарств для лечения COVID-19», - сказал доцент Ашер.
Для разработки COVID-3-D команда профессора Ашера проанализировала данные секвенирования генома более 120000 образцов SARS-CoV-2 от инфицированных людей во всем мире, включая те, которые уникально влияют на Австралию, для выявления мутаций в каждом из белков вируса. Они протестировали и проанализировали влияние мутаций на структуру их белков с помощью компьютерного моделирования.
Эти данные были использованы для расчета всех биологических эффектов каждой возможной мутации в геноме. Чтобы помочь исследователям учесть возможные будущие мутации, команда проанализировала мутации в связанных коронавирусах SARS-CoV и Bat RaTG13.