Гены-драйверы рака - это гены с мутациями, которые необходимы для развития и распространения опухоли. Под руководством исследователя ICREA Патрика Элоя ученые из Лаборатории структурной биоинформатики и сетевой биологии (SBNB) в IRB Barcelona разработали вычислительный конвейер, который предсказывает реакцию опухоли на различные методы лечения рака. Эта система основана на идентификации маркеров комплексного ответа, полученных из паттернов совместного появления генов-драйверов рака, несущих мутации. Он был протестирован экспериментально и с данными пациентов с раком груди и достиг 66% точности в предсказании этих ответов.
Учитывая их ключевую роль в развитии опухолей, гены-драйверы рака широко изучаются в последние десятилетия. Знание того, какой из этих генов поражен конкретной опухолью, может помочь определить наиболее подходящую терапевтическую стратегию для этого пациента в подходе, известном как прецизионная медицина. Впервые исследователи из лаборатории SBNB предлагают совместное возникновение (или отсутствие такового) изменений в двух или более генах-драйверах рака как ключевой фактор в прогнозировании ответа на определенное лечение.
«Сумма двух или более генов-драйверов рака, затронутых мутациями, приводит к образованию сложной сети биомаркеров, изменяет молекулярный профиль опухоли и влияет на ее реакцию на лечение», - говорит Элой. «Благодаря этой работе мы видим, что изучение генов , вызывающих рак, в целом, анализ различных комбинаций может привести к значительному прогрессу в области точной медицины», - добавляет он.
От биоинформатики до экспериментального и клинического анализа
Хотя имеется много данных о геномах рака, меньше информации доступно о результатах терапевтических вмешательств у пациентов. Исследователи начали с общедоступной базы данных, в которой собрана информация о влиянии нескольких методов лечения на рост опухолей человека, имплантированных мышиной модели . Основываясь на этих данных, они выбрали 53 лечения (или комбинации обработок) и сравнили молекулярные профили опухолей, которые реагировали на каждое лечение, и тех, которые не реагировали.
