Исследователи из Института Броуда Массачусетского технологического института и Гарвардского и Принстонского университетов разработали технологию на основе CRISPR, которая позволяет быстро различать омикрон, дельта и другие варианты COVID-19, а также другие респираторные вирусы, включая грипп. Команда использовала метод, известный как mCARMEN, в начале всплеска омикронного вируса в декабре 2021 года, чтобы предварительно оценить растущую распространенность этого варианта в Массачусетсе. Основываясь на этих результатах, Департамент общественного здравоохранения штата Массачусетс (MDPH) поделился этой информацией с больницами штата, чтобы помочь определить варианты лечения пациентов с COVID-19.
Для разработки mCARMEN исследователи адаптировали CARMEN, диагностическую технологию на основе CRISPR, разработанную в Broad в 2020 году, чтобы она была быстрее, чувствительнее и легче внедрялась в клинических лабораториях и лабораториях наблюдения, с целью более широкого использования оптимизированной платформы во время будущих вспышек SARS-CoV-2 или других патогенов.
mCARMEN, аббревиатура от «микрожидкостные комбинаторные комплексные реакции для мультиплексной оценки нуклеиновых кислот», описана в журнале Nature Medicine.
«Пандемия COVID-19 показывает нам, что нам нужно больше тестов, и чаще, особенно в начале пандемии», — сказал соавтор Кэмерон Мирвольд, который помог разработать КАРМЕН в качестве постдокторского исследователя в Broad, а сейчас является доцентом. молекулярной биологии в Принстонском университете. «COVID-19 показывает нам, что сложные вирусы будут появляться, поэтому мы должны продолжать их искать и придумывать лучшие способы сделать это».
«Было замечательно работать над этим большим совместным проектом», — сказала первый автор исследования Николь Уэлч, аспирант программы вирусологии Гарвардского университета и лаборатории Пардиса Сабети в Броуд. «Мы рады, что это уже имеет значение в этой пандемии, и мы надеемся увидеть его дальнейшее использование для улучшения общественного здравоохранения ».
КАРМЕН V1
Исследователи из лабораторий Sabeti и члена Broad core Пола Блейни впервые разработали платформу CARMEN, используя специальные микрофлюидные чипы и направляющие молекулы РНК на основе CRISPR, которые могут обнаруживать определенные последовательности в генетическом материале патогена. В исследовании 2020 года они показали, что CARMEN может идентифицировать один тип вируса в более чем 1000 образцов за раз или искать более 160 различных вирусов, включая вирус COVID-19, в небольшом количестве образцов.
