Ученые Национального института здоровья (NIH) разработали новый метод подготовки проб для обнаружения вируса SARS-Cov-2, вызывающего COVID-19. Этот метод позволяет обойтись без экстракции генетического материала РНК вируса, упрощая очистку образцов и потенциально сокращая время и стоимость тестирования. Этот метод является результатом сотрудничества исследователей из Национального института глаз (NEI), Клинического центра NIH (CC) и Национального института стоматологических и черепно-лицевых исследований (NIDCR).
Диагностическое тестирование остается важным инструментом в борьбе с пандемией COVID-19. Стандартные тесты для обнаружения SARS-CoV-2 включают амплификацию вирусной РНК до обнаруживаемых уровней с использованием метода, называемого количественной ПЦР с обратной транскрипцией (RT-qPCR). Но сначала из образца необходимо извлечь РНК . Производители наборов для экстракции РНК испытывали трудности с удовлетворением спроса во время пандемии COVID-19, что ограничивало возможности тестирования во всем мире. С появлением новых вариантов вирусов потребность в более качественных и быстрых тестах как никогда высока.
Команда под руководством Роберта Б. Хуфнагеля, доктора медицины, доктора философии, руководителя отделения медицинской генетики и офтальмологической геномики NEI, и Бин Гуана, доктора философии, научного сотрудника лаборатории офтальмологической геномики в NEI, использовала хелатирующий агент. произведенная компанией-поставщиком лаборатории Bio-Rad, названная смолой Chelex 100, для сохранения РНК SARS-CoV-2 в образцах для обнаружения методом RT-qPCR.
«Мы использовали образцы носоглотки и слюны с различными концентрациями вирионов, чтобы оценить, можно ли их использовать для прямого обнаружения РНК», - сказал Гуан, ведущий автор отчета по этой методике, опубликованного на этой неделе в iScience . «Ответ был положительным, с заметно высокой чувствительностью. Кроме того, этот препарат инактивировал вирус, что сделало более безопасным работу персонала лаборатории с положительными образцами».
Команда Хуфнагеля сделала свое открытие, протестировав различные химические вещества с использованием синтетических образцов и образцов человека, чтобы определить те, которые могут сохранять РНК в образцах с минимальной деградацией, позволяя при этом прямое обнаружение вируса с помощью RT-qPCR.
Чтобы подтвердить тест, Блейк М. Уорнер из NIDCR, DDS, доктор философии, MPH, и его команда собрали образцы пациентов (согласно протоколу исследований NIH IRB 20-D-0094) и сохранили их либо в среде для переноса вирусов, либо в новую разработал буфер на основе хелатирующей смолы в Центре симптоматического тестирования NIH.
Образцы в вирусной транспортной среде были протестированы группой тестирования COVID-19 в Клиническом центре NIH под руководством Карен М. Франк, доктора медицины, доктора философии, с использованием стандартной экстракции РНК и тестирования RT-qPCR. Образцы в буфере с хелатирующей смолой нагревали, а затем тестировали вирусную РНК с помощью RT-qPCR. Новый препарат значительно увеличил количество доступной для тестирования РНК по сравнению со стандартным методом.
«Мы думаем, что эта новая методология имеет явные преимущества в виде повышения чувствительности, затрат и экономии времени на тестирование, - сказал Хуфнагель. - Метод стабилизирует РНК при комнатной температуре, облегчая транспортировку, хранение и обращение в клинических условиях».
